C'est l'Union Européennes, et plus précisément la Commission Européenne, qui a mis en place le réseau Natura 2000.
Les bases juridiques de ce réseau reposent sur deux directives:
- la première est laDirective « Oiseaux » du 2 avril 1979 (79/409/CEE), instaurant les Zone de Protection Spéciale (ZPS) ;
- la deuxième est la Directive « Habitats, Faune, Flore » du 21 mai 1992 (92/43/CEE), instaurant les Zone Spéciale de Conservation (ZSC)
Ces directives ont pour objectifs de sauvegarder les oiseaux, ainsi que les milieux naturels dans l'Union Européenne.